После смерти Ахилла, Троянская война приобрела вялотекущий характер. Было понятно, что взятие города затягивается и тогда Одиссей, невольно ставший авторитетом и любимцев греков, решил обратиться к оракулу. Ответ был для него сюрпризом. Оракул ясно дал понять, что без Филоктета, его лука и стрел взять Трою нельзя. Это тем более огорчило Одиссея, потому что именно по его предложению Филоктет был брошен греками на острове Лемносе. В памяти Одиссея всплыла та история. Он помнил, как легко Филоктет выиграл у него соревнования в стрельбе из лука, хотя все греки признавали Одиссея за лучшего лучника. Жалкий выскочка Филоктет, довольный победой, рассказал ему тогда про свой лук и стрелы. Эти лук и стрелы были не больше и не меньше, чем оружием самого Геракла.
Когда Геракл вёз свою молодую жену Деяниру из Этолии домой, то переправу через речку прошёл сам, а перевезти Деяниру доверил перевозчику кентавру по имени Несс. На середине речки кентавру ударило в голову вожделение и он захотел изнасиловать Деяниру.

Геракл использовал одну стрелу с ядом Лернейской Гидры и решил проблему. Перед смертью кентавр дал Деянире свою кровь, смешанную с ядом и сказал, что это лучшее средство приворожить к себе мужа. Месть кентавра Несса удалась. Спустя год, когда Геракл вернулся из удачного похода, Деянира приревновала его к пленной дочке царя покорённой страны Иоле. Откуда ей было знать, что Геракл вёз Иолу в жёны их сыну Гиллу. Деянира натёрла кровью Несса одежду Геракла и, как только он её одел, то сразу стал корчиться в муках от яда. Деянира, поняв, что кентавр её обхитрил, чтобы отомстить Гераклу, убила себя мечом, а сам Геракл не мог вытерпеть мучений и просил его убить. Никто не решился развести костёр под Гераклом, кроме его друга и правителя соседней области Филоктета. Так исполнилось пророчество мойр, над которым Геракл думал всю жизнь, они тогда сказали, что убить его не под силу ни богу, ни человеку, а только мертвецу. И кентавр Несс достал его из могилы. За эту последнюю услугу Филоктет получил от Геракла опаснейшее оружие смертельные стрелы и лук, стрелявший без промаха.

Но совсем не за то, что Филоктет выиграл у него состязание в стрельбе из лука, Одиссей настоял, чтобы того оставили на Лемносе. Дело было в другом. Когда греки грабили на острове Хрис, Филоктет забежал в Храм и хотел забрать оттуда статую Афины. В это время из-за жертвенника выползла змея и ужалила Филоктета в ногу. Сначала Филоктет держался, хотя на греков это событие произвело удручающее впечатление, когда же они достигли острова Лемнос, на пути в Трою, то рана уже страшно гноилась, но и это было не самое страшное, а ужасающий запах от неё, который просто выводил всех воинов из равновесия. Тогда-то Одиссей и предложил оставить Филоктета на Лемносе с запасом еды и одежды, когда тот уснёт. Четыре корабля, которые привёл с собой Филоктет тоже последовали в Трою. Теперь, получив ответ оракула и вспомнив эту историю, Одиссей мучительно размышлял о том, как уговорить Филоктета отправиться в Трою.

В конце концов, он решил взять с собой сына Ахилла Неоптолема или Пирра, как называл его Гомер, и поручить ему контакт с Филоктетом, потому что Неоптолем прибыл под Трою недавно и Филоктет не мог его знать. Главное, что Одиссей объяснил Неоптолему — это лить побольше грязи на него Одиссея и других вождей, представиться, как оно есть, сыном Ахилла, который ездил забрать отцовские доспехи, которые ему не отдали, а сейчас, мол, он возвращется домой ни с чем.

После этого втереться в доверие и похитить лук и стрелы. Эта операция не очень понравилась Неоптолему, так как он был в отца — честный, смелый и прямой парень, привыкший решать проблемы в открытом бою, а не хитростью и уловками. Но хитроумный Одиссей стал нажимать на патриотизм, на павших в бою товарищей, в том числе и его отца Ахилла. О важности победы для всей Греции.

Словами Софокла Одиссей обосновывает:

Но верь: победа - драгоценный дар! Решись!
А там - и правде мы послужим.
На час один лишь душу ты свою
Мне предоставь для замысла кривого.
А как потребность минет — хоть всю жизнь
Благочестивейшим слыви из смертных.

Скрепя сердце, Неоптолем прибыл с Одиссеем на Лемнос. Когда Филоктет услышал эллинскую речь, то был в восторге, потому что десять лет провёл в одиночестве, а когда узнал, что говорит с сыном Ахилла, его друга, то не мог сдержать слёз. Он сказал, что Ахилл был самым честным и прямым воином во всей Греции и это даже важней, чем его мощь, военное умение и сила. Он напомнил Неоптолему и Большого Аякса, который погиб, фактически, из-за происков Одиссея и Агамемнона. На душе у Неоптолема скребли кошки, это была неразрешимая дилемма. Спасти войско греков или остаться обманщиком и подлецом. Лук и стрелы Филоктет всё время держал в руках, но он так проникся доверием к сыну Ахилла, что во время перевязок давал их Неоптолему. В конце-концов, в один из таких моментов, Одиссей, подкравшись к пещере, забежал в неё и вырвал лук у Неоптолема, который сразу же стал убеждать Филоктета забыть старое и ехать с ними в Трою, ибо это воля богов, но Филоктет не соглашался ни в какую. Тогда Одиссей сказал, что найдутся и другие, чтобы стрелять из этого лука, на что Неоптолем, в лучших традициях своего отца, вырвал из рук Одиссея лук и стрелы и вернул их Филоктету.


Сложилась патовая ситуация. Теперь, учитывая умение Филоктета стрелять, жизнь Одиссея была в опасности. Филоктет же сказал, что никто, даже боги не заставят его плыть в Трою. И тут небольшое облако спустилось к земле и в нём проявился Геракл. Он сказал, что Филоктет должен плыть и что у него особая миссия на этой войне.

Дальше было завершение Троянской войны. В то время под Троей заведующим санчасти был великий хирург Махаон — сын самого бога врачевания Асклепия, под началом которого работали его сёстры: Гигиея и Панакея, они всей командой поставили Филоктета на ноги. Он вернулся в строй и даже находился внутри деревянного коня в числе избранных воинов. Причудливо плетение судеб мойрами. Неоптолем и Филоктет, после падения Трои, с богатой добычей уже через пару недель были дома, проведя на войне всего пару месяцев. Одиссею же, благодаря трюку которого с конём была выиграна война, предстояли ещё десять лет скитаний — ровно столько же, сколько он оттрубил на этой самой войне, а потом бесславный конец.
Нет, всё таки, боги учитывают морально-этические установки человека по гамбургскому, большому счёту.

В память о великом докторе, исцелившим Филоктета, великий натуралист Карл Линней назвал красивейшую бабочку Махаоном.